创刊时是对开4版，后几经扩版。现在每期一般有32版左右。
报纸目前分为新闻、经济、文化、时局和评论五版。针对一些重大新闻事件会推出特别报道。
2007年新加了评论板块，主要针对社会热点问题进行评述。
报名采用的是手写体，是通过集字的办法，从鲁迅手稿中选出的。报纸的口号是“在这里，读懂中国”。
《南方周末》，作为“报纸改革的试验田”，无论版式，还是内容，《南方周末》都引领过报纸改革的潮流，是先着枝头的春花。已经形成新闻、文化、生活三大板块的办报格局，新闻以独家为主，时评以纵深见长，副刊则佳作迭现。凝结老中青三代报人的心血，承载数百万读者的厚望，《南方周末》正在为振兴报业集团而努力。
